הר הבית או בשמותיו האחרים, הר המוריה אשר לקוח מן התנ"ך והר המקדש אשר לקוח משמו הערבי של ההר הוא אחד המקומות המעוררי מחלוקת בירושלים ואולי בעולם כולו. הר הבית הינו מקום קדוש ליהודים ולמוסלמים כאחד, ולכן על העלייה להר הבית מוטלות מגבלות מחמירות על מנת לשמור על בטחון הציבור ובטחון המדינה. אחת הסיבות לפרוץ האינתיפאדה השנייה בשנת 2000 היא העלייה של אריק שרון להר הבית, שגררו מהומות בירושלים ובכל השטחים כתוצאה מכן, דבר שהוביל את ישראל להוציא את מבצע חומת מגן לבסוף.
הכניסה להר הבית מוגבלת כמעט תמיד, כאשר הזמן בו האיזור הוא הרגיש ביותר הוא בדרך כלל ביום שישי לאחר התפילות במסגדרים. ישנם זמנים בהם מותרת כניסה של יהודים להר הבית על מנת לא ליצור חיכוכים מיותרים עם המוסלמים וישנם זמנים בהם המוסלמים עולים להר הבית להתפלל באל אקצע, אשר נחשב למסגד קדוש עבורם. לעיתים, בזמנים נפיצים מגבילה המשטרה את הכניסה למוסלמים להר הבית לגברים מעל גיל מסויים כאשר בדרך כלל מדובר על דברים מעל גיל ארבעים על מנת ולנשים מתוך מחשבה של המשטרה כי אנשים אלו אינם מעוניינים לעורר פרובוקציות וליצור עימותים אלימים עם יהודים ועם המשטרה. לאחר נסיון ההתנקשות בפעיל הימין יהודה גלי' נסגר הר הבית ליום אחד ולאחר אותו יום אושרה כניסה רק לגברים מעל גיל 50 ולנשים על מנת להרגיע את הרוחות בהר הבית.
עד מלחמת ששת הימים מקום המדינה בעצם לא הורשו יהודים להכנס להר הבית בתקופה בה שלטו בו הירדנים ובכך נמנעה מהיהודים כניסה לכותל. את הר הבית ניתן לזהות בקלות בעיקר מן האוויר תודות לכיפת הזהב הענקית או כיפת הסלע כפי שהיא נקראת בפי רבים אשר אותה ניתן לזהות בקלות מן האוויר. על פי המסורת היהודית שם התחילה בריאת העולם וגם שם נעשתה עקידת יצחק. על פי האסלאם בהר הבית התקיימה העלייה לשמיים של הנביא מוחמד ולכן הוא נחשב בעייתי שכן הוא קדוש עבור שתי היהדות ועבור האסלאם כאחד.